O Debian tem como padrão deixar visível no desktop os ícones do Computador, Pasta Pessoal, Servidor de Redes e Lixeira mas as vezes por questão de beleza (na verdade frescura) queremos ter um desktop limpo.

Podemos fazer isso alterando diretamente nas configurações do Gnome, para isso temos que acessar o editor de configurações, pode ser acessado pelo terminal digitando:

$ gconf-editor

Dentro da aplicação navegamos pelo itens do lado esquerdo da seguinte maneira:

apps -> nautilus -> desktop

Quando entrarmos nessa parte teremos vários itens no lado direito, esses itens são referentes ao o que o nautilus (gerenciador de arquivos) exibirá no desktop. Desmarque então todas as opções menos (a não ser que queira) a opção volumes_visbile, opção essa que mostrará sempre no desktop outros dispositivos montados como Pendrive, Mp3, Cd, …

Feito isso sua tela já estará limpa, não precisa salvar em nenhum lugar basta desmarcar as opções. Se quiser retornar basta fazer o inverso.