O Debian em suas novas versões que sucederão o Lenny (Squeeze, Sid, .. ) tem uma modificação de configuração padrão no modulo do PHP do Apache.

Quando instalamos o Apache, o PHP e o modulo de comunicação do PHP com o  Apache e habilitamos o modulo User Dir do apache (modulo que possibilita a leitura do Apache nos diretórios public_html de cada usuário no /home) percebe-se que quando se tenta acessar um arquivo .php dentro do user dir o mesmo não é lido.

Essa nova configuração do Apache é feito por motivos de segurança.

Isso acontece pois no modulo de comunicação do PHP no Apache existe uma constante que desabilita o PHP em esses diretórios. Para habilitar, basta editar no arquivo de configuração do modulo as diretivas que desabilitam o engine do PHP em todos os diretórios public_html.

Para isso fazemos:

vi /etc/apache2/mods-enabled/php5.conf

comente a linha com diretiva php_admin_value engine Off, ficando assim:

<IfModule mod_userdir.c>
  <Directory /home/*/public_html>
    #php_admin_value engine Off
  </Directory>
</IfModule>

pronto, depois disso basta reiniciar o Apache:

# /etc/init.d/apache2 restart

Dessa maneira o PHP estará habilitado nos User Dir.